Not a complete list but here are some of the 99 meters and ups under construction.
Topped out
1 モード学園コクーンタワー 203.65m 地上50階/地下4階 2008年10月 新宿区西新宿一丁目
2 勝どき駅前地区市街地再開発 192.20m 地上55階/地下2階 2010年08月 中央区勝どき一丁目
3 東池袋四丁目第2地区(再) 189.20m 地52階/塔2階/地2階 2011年01月 豊島区池袋四丁目
4 大手町地区第一次再開発事業 B棟 180m 地37階/塔2階/地4階 2009年03月 千代田区大手町一丁目
5 丸の内トラストタワー本館 178.0m 地37階/塔2階/地4階 2008年11月 千代田区丸の内一丁目
6 シティタワーズ豊洲 ザ・ツイン S棟 171.20m 地上48階/地下1階 2009年03月 江東区豊洲三丁目
7 シティタワーズ豊洲 ザ・ツイン N棟 171.20m 地上48階/地下1階 2009年06月 江東区豊洲三丁目
8 丸の内パークビルディング 170.09m 地34階/塔3階/地4階 2009年04月 千代田区丸の内二丁目
9 晴海三丁目西地区(再)A1街区 168.95m 地49階/塔1階/地1階 2009年11月 中央区晴海三丁目
10 西新宿六丁目西第6地区 住宅棟 167.81m 地上46階/塔屋1階 2010年01月 新宿区西新宿六丁目
11 芝浦アイランド<ブルームタワー> 167.415m 地上48階/地下0階 2008年09月 港区芝浦四丁目
12 中目黒アトラスタワー 164.32m 地上45階/地下2階 2009年10月 目黒区上目黒一丁目
13 勝どき一丁目地区プロジェクト 159.85m 地上45階/地下2階 2011年01月 中央区勝どき一丁目
14 パークコート赤坂 ザ タワー 157.25m 地43階/塔2階/地2階 2009年06月 港区赤坂四丁目
15 THE TOYOSU TOWER 155.00m 地43階/塔1階/地1階 2009年01月 江東区豊洲三丁目
16 豊洲三丁目8-4街区計画 153m 地上45階/地下1階 2010年03月 江東区豊洲三丁目
17 パークタワーグランスカイ 152.90m 地44階/塔2階/地2階 2010年06月 品川区東五反田二丁目
18 二子玉川 ライズタワー&レジデンス B棟 151.1m 地42階/塔2階/地1階 2010年05月 世田谷区玉川一丁目
19 大手町地区第一次再開発事業 A棟 150m 地31階/塔1階/地4階 2009年03月 千代田区大手町一丁目
20 後楽二丁目西地区市街地再開発 149.60m 地上34階/地下3階 2010年03月 文京区後楽二丁目
21 BEACON Tower Residence 147.00m 地上41階/地下1階 2009年01月 江東区東雲一丁目
22 青葉台3丁目計画(仮称) 144.50m 地上33階/地下3階 2009年09月 目黒区青葉台三丁目
23 曳舟駅前地区再開発1街区S棟 141.545m 地41階/塔1階/地1階 - 墨田区京島一丁目
24 シティタワー品川 140.90m 地上43階 2008年10月 港区港南四丁目
25 住友不動産 西新宿ビル 139.9m 地上33階/地下2階 2009年04月 新宿区西新宿七丁目
26 ステーションプラザタワー 139.85m 地上36階/地下2階 2009年10月 荒川区日暮里二丁目
27 ヴィナシス金町タワーレジデンス 138.20m 地41階/塔1階/地2階 2009年06月 葛飾区金町六丁目
28 渋谷東1丁目計画(仮称) 130m 地26階/塔1階/地3階 2010年07月 渋谷区東一丁目
29 シティタワー麻布十番 129.92m 地上38階/地下2階 2009年05月 港区三田一丁目
30 プラウドタワー千代田富士見 129.60m 地上38階/地下2階 2009年02月 千代田区富士見二丁目
31 パークコート麻布十番 ザ タワー 129.08m 地上36階/地下1階 2009年05月 港区三田一丁目
32 大崎シティタワーズ 西棟 127.08m 地上39階/地下2階 2009年09月 品川区大崎二丁目
33 大崎シティタワーズ 東棟 127.08m 地上39階/地下2階 2009年09月 品川区大崎二丁目
34 東京医科歯科大学研究棟Ⅱ期 125.95m 地上26階/地下3階 - 文京区湯島一丁目
35 大手町地区第一次再開発事業 C棟 122m 地23階/塔1階/地4階 2009年03月 千代田区大手町一丁目
36 シティタワー池袋ウエストゲート 121.31m 地上34階/地下1階 2010年03月 豊島区高松 一丁目
37 永田町二丁目計画(キャピトル東急跡) 120.30m 地上29階/地下4階 2010年09月 千代田区永田町二丁目
38 汐留浜離宮計画(仮称) 120.0m 地上21階/地下2階 2009年08月 中央区銀座八丁目
39 丸の内一丁目地区建替計画 120m 地23階/塔2階/地4階 2010年03月 千代田区丸の内一丁目
40 北品川三丁目計画(仮称) 119.90m 地上36階/地下1階 2008年12月 品川区北品川三丁目
41 学習研究社五反田新本社ビル 119.3m 地上24階/地下3階 2008年06月 品川区西五反田二丁目
42 Brillia Mare 有明 TOWER&GARDEN 119.170m 地33階/塔1階/地1階 2009年03月 江東区有明一丁目
43 神宮前計画 115.30m 地23階/塔3階/地3階 - 渋谷区神宮前一丁目
44 有明一丁目計画(仮称) 114.70m 地上33階/地下1階 2010年03月 江東区有明一丁目
45 北青山プロジェクト(仮称) 114.50m 地上25階/地下3階 2008年07月 港区北青山二丁目
46 芝公園プロジェクト(仮称) 114,00m 地上24階/地下2階 2010年03月 港区芝公園二丁目
47 平河町二丁目東部南地区 109m 地24階/塔1階/地3階 2009年12月 千代田区平河町二丁目
48 ブランズタワー南千住 106.705m 地29階/塔2階/地1階 2010年01月 荒川区南千住七丁目
49 二子玉川 ライズタワー&レジデンス A棟 102m 地28階/塔2階/地1階 2010年03月 世田谷区玉川一丁目
50 二子玉川 ライズタワー&レジデンス C棟 102m 地28階/塔2階/地1階 2010年05月 世田谷区玉川一丁目
source >
http://www.eonet.ne.jp/~building-pc/...o-ing-menu.htm